Hầu hết các giống Rùa sống trong nước ngọt, theo quan điểm của các chuyên gia bảo tồn thiên nhiên, đang có nguy cơ bị tuyệt chủng. Nhân dịp "Tuần lễ Nước quốc tế" từ 5-11/09 được tổ chức tại Stockholm (Thuỵ Điển), khoa học gia Peter Paul van Dijk, thuộc tổ chức Bảo tồn Thiên nhiên quốc tế, đã công bố một bản tường trình cho biết loài Rùa nước ngọt là một trong những loài động vật có nguy cơ tuyệt chủng nghiêm trọng nhất trên thế giới: "Có tổng cộng hơn 40% các giống Rùa đang bị đe doạ biến mất dần. Nguyên do chính là môi trường sống của giống Rùa đang bị đảo lộn, thay đổi vì những công trình xây cất các đập nước ở những con sông là nơi chúng đang sinh sống. Ngoài ra "các món ăn đặc sản Rùa" và phong trào nuôi Rùa như một thú vui tiêu khiển cũng góp phần không nhỏ vào sự tuyệt chủng của loài Rùa.
Đặc biệt có nguy cơ tuyệt chủng cao nhất là giống Rùa khổng lồ Rafetus swinhoei (trên lưng có cái mai mềm mềm trông như mảnh da) sống trên sông Dương Tử bên Trung Hoa; dường như trên toàn thế giới chỉ còn lại duy nhất 4 con mà thôi.